北陸には奈良・平安時代には東大寺や西大寺などの荘園が多くありました。上荒屋遺跡もそんな荘園の施設の一部と考えられています。荘園の管理事務所である庄家跡や、工房跡、船着き場跡などが見つかっています。船着き場跡や舟が行き来したと思われる大溝からは土器に墨で文字を書いた「墨書土器」が1000点以上も出土しています。また、舟に積んだ荷物に付けられていたと思われる付札木簡も出土しています。